Esta historia se desarrolla en la Academia Honnouji, donde los estudiantes tienen unos uniformes que les dan diferentes poderes y habilidades. La presidenta del consejo estudiantil Satsuki Kiryūin impone las reglas por la fuerza, sin embargo, una estudiante de intercambio llamada Ryuko Matoi se interpone en su camino. Matoi, empuñando una espada con forma de tijera y vistiendo un uniforme escolar que está vivo, luchará por saber la verdad de quien es el asesino de su padre.
